Πανίδα
Στο νομό Μεσσηνίας εκτός από τη μεγάλη ποικιλία χλωρίδας, ζουν άγρια ζώα και πουλιά, καθώς οι εδαφοκλιματολογικές συνθήκες που επικρατούν στο νομό κάνουν τη διαμονή και την επιβίωσή τους σχετικά εύκολη. Στην παραθαλάσσια ζώνη μπορεί να δει κανείς γλάρους καθώς και πλήθος άλλων πτηνών όπως περιστέρια, χελιδόνια και σπουργίτια. Οι μεσογειακές φώκιες Monachus Μonachus και οι θαλάσσιες χελώνες Caretta – Caretta βρίσκουν στις αμμουδερές παραλίες του νομού ασφαλείς χώρους για την αναπαραγωγή τους. Οι θαλάσσιες χελώνες Caretta – Caretta γεννούν τα αυγά τους ιδίως στις ακρογιαλιές που εκτείνονται από το Καλό Νερό (περιοχή Κυπαρισσίας) ως τις εκβολές της Νέδας ενώ ως περιοχές αναπαραγωγής θεωρούνται και οι παραλίες Βοϊδοκοιλιά, Γλυφαδάκι, Ρωμανού και Μάτι στην Πύλο. Στο βυθό της μεσσηνιακής θάλασσας ζει και αναπαράγεται μια πλούσια ιχθυοπανίδα και έτσι περιοχές όπως η Μεθώνη, οι Χράνοι, η Νέα Κορώνη και η Μαραθόπολη χαρακτηρίζονται ψαρότοποι. Οι ψαράδες της περιοχής γεμίζουν τα δίχτυα τους με αθερίνα, μαρίδες, σαρδέλες, γαύρους, γόπες, φαγκριά, συναγρίδες, λιθρίνια και μπαρμπούνια.
 
Στην πεδινή ζώνη, στα καταπράσινα μέρη της Μεσσηνίας βρίσκουν καταφύγιο ποικίλα είδη πουλιών όπως κοτσύφια, τσίχλες ενώ διάφορα είδη εντόμων όπως μέλισσες, πεταλούδες, πασχαλίτσες, σκαθάρια και ακρίδες κάνουν αισθητή τη παρουσία τους ανάμεσα στα ποικίλα φυτικά είδη την άνοιξη και το καλοκαίρι. Επιπλέον, υπάρχουν μεγάλοι πληθυσμοί από σαύρες, τρωκτικά, αμφίβια, η οχιά (Vipera ammodytes), το σπιτόφιδο, η δεντρογαλιά και διάφορα θηλαστικά. Αξιόλογη στις περιοχές της πεδινής ζώνης θεωρείται και η κτηνοτροφία, η οποία περιλαμβάνει κοπάδια από πρόβατα, αίγες και βοοειδή. Στην ημιορεινή και στην ορεινή ζώνη ζουν διάφορα σαρκοφάγα ζώα όπως η νυφίτσα, το κουνάβι, το τσακάλι και η αλεπού ενώ στα δασικά οικοσυστήματα απαντώνται αρπακτικά και μη πτηνά, όπως ο βασιλαετός, ο σφηκιάρης, τρυγόνια, ορτύκια και τσαλαπετεινοί, τα οποία συνυπάρχουν με μια μεγάλη ποικιλία από τρωκτικά, σαύρες, φίδια, χελώνες και έντομα. Χαρακτηριστική είναι η παρουσία του νεροκότσυφα, του βάτραχου των ρυακιών (Rana graeca), των φρύνων και του δεντροβάτραχου. Στο νησάκι της Σαπιέντζας ζουν κοπάδια από κρητικούς αίγαγρους (τα γνωστά κρι κρι) καθώς και αιγοπρόβατα (μουφλόν).

Μέσα από τις πυκνές φυλλωσιές των δέντρων ξεπετάγονται φασιανοί, πέρδικες, ορτύκια, αγριοπερίστερα, μπεκάτσες και τσίχλες. Τέλος, ο υδροβιότοπος της Γιάλοβας (Διβάρι) παρουσιάζει ιδιαίτερο οικολογικό ενδιαφέρον καθώς αποτελεί σταθμό πολλών μεταναστευτικών πουλιών. Σ΄ αυτόν εντοπίζονται σπάνια είδη πουλιών όπως ερωδιοί και φλαμίγκο καθώς και το μοναδικό είδος χαμαιλέοντα στην Ευρώπη. Αποτελεί προστατευόμενη περιοχή αφού ανάμεσα στα καταμετρημένα είδη έχουν βρεθεί αρκετά που ανήκουν στην απειλούμενη ελληνική ορνιθοπανίδα. Η λιμνοθάλασσα του Διβαρίου είναι ένας σημαντικός υδροβιότοπος ο οποίος έχει ενταχθεί στο πρόγραμμα LIFE για τη προστασία της σπάνιας χλωρίδας και πανίδας της περιοχής.