Η Μεσσηνία διαθέτει έναν ανεξάντλητο φυσικό πλούτο στον οποίο οι λάτρεις της φύσης μπορούν να περιηγηθούν και να τον απολαύσουν οποιαδήποτε εποχή του έτους και να επιλέξουν.

Το δάσος των αειθαλών πλατύφυλλων με κουμαριές, στη νήσο Σαπιέντζα, το οποίο έχει χαρακτηριστεί διατηρητέο μνημείο της φύσης, είναι το μοναδικό του είδους του στη Μεσόγειο, με δέντρα των οποίων το ύψος αγγίζει και ξεπερνά τα 10- 12μ. ενώ η ηλικία τους υπολογίζεται σε 10.000 χρόνια.

Στη Σαπιέντζα ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να δει ένα ανεπανάληπτο θέαμα, την κοιλάδα της γύρης που ονομάζεται Σπαρτόλακκα. Πρόκειται για ένα στρώμα από ασυνήθιστο πορτοκαλοκίτρινο χρώμα απολιθωμένης γύρης που σχηματίζει ένα ιδιόμορφο πέτρωμα.

Σημαντικό επίσης είναι και το δάσος της Μάλης, που βρίσκεται ανατολικά της Κυπαρισσίας στις πλαγιές του όρους Αιγάλεω. Έχει έκταση 108.000 στρέμματα ενώ τα κυριότερα φυτικά είδη που διαβιούν σε αυτό είναι η αριά, το πουρνάρι, η πλατύφυλλος και η χνοώδης δρυς, η κουμαριά, η πτέρη, η ρίγανη και άλλα.

Στην περιοχή της Πύλου βρίσκεται ο υδροβιότοπος της Γιάλοβας, που αποτελεί το νοτιότερο διεθνούς σημασίας υδροβιότοπο των Βαλκανίων καθώς αποτελεί σταθμό για πολλά είδη μεταναστευτικών πτηνών. Θεωρείται προστατευόμενη περιοχή με συνολικά 258 είδη εκ των οποίων τα 79 περιλαμβάνονται στο «Κόκκινο βιβλίο» (η υπό απειλή ελληνική ορνιθοπανίδα). Στο σημαντικό αυτό υγροβιότοπο λειτουργεί Ενημερωτικός Σταθμός από όπου ο επισκέπτης μπορεί να παρατηρήσει ερωδιούς, τουρλίδες και κίρκους, ψαραετούς και πολλά άλλα είδη.

Το φαράγγι της Νέδας, αποτελεί το φυσικό όριο μεταξύ των νομών Ηλείας και Μεσσηνίας. Οι βελανιδιές, οι αγριοσυκιές, τα πλατάνια, οι πυκνές καλαμιές και οι αγέρωχες λεύκες χαρακτηρίζουν τη συγκεκριμένη περιοχή ενώ ο επισκέπτης εντυπωσιάζεται από τις μεγάλες γαλάζιες λιβελούλες (Odonata galopteryx) στις φυλλωσιές των δέντρων. Οι καταρράκτες, οι μεγάλοι άσπροι βράχοι και το οικοσύστημα της περιοχής συμπληρώνουν την πλούσια βλάστησή. Το ποτάμι είναι προσπελάσιμο μόνο κατά τους θερινούς μήνες καθώς τον υπόλοιπο χρόνο τα νερά είναι τόσο ορμητικά που καθιστούν αδύνατη την κάθε προσπάθεια διάσχισής του.

Στο όρος του Ταϋγέτου βρίσκεται το δάσος της Βασιλικής, το οποίο έχει ωοειδές σχήμα και θεωρείται ένα από τα σπουδαιότερα δάση της χώρας αφού φιλοξενεί σπάνια είδη δέντρων. Τα αιωνόβια μαυρόπευκα ηλικίας έως και 500 ετών με διάμετρο κορμών που υπερβαίνει ακόμα και το ένα μέτρο αποτελούν σημαντικό καταφύγιο για πολλά είδη ζώων. Οι πληθυσμοί αυτών των δέντρων θεωρούνται πολύτιμα απομεινάρια των πανάρχαιων δασών του βουνού στα οποία, σύμφωνα με τη μυθολογία, κατά την αρχαιότητα έπαιζαν οι νύμφες της περιοχής.

Στο δήμο Βουφράδος, 32 χλμ. από την Καλαμάτα, βρίσκεται το Πολυλίμνιο. Σε ένα απομονωμένο περιβάλλον βρίσκονται κρυμμένες 15 λίμνες με διάφορα περίεργα ονόματα όπως Μαύρη Λίμνα, Κάδη, Καδούλα, του Ιταλού, του Πανάγου, της Σταθούλας και όλες τους είναι πανέμορφες. Μαζί με φαράγγια και καταρράκτες δημιουργούν ένα μοναδικό σύνολο το οποίο περικυκλώνεται από ελαιώνες και αμπέλια.

Στη δυτική πλευρά της Μεσσηνίας, στη μεσσηνιακή Μάνη και πιο συγκεκριμένα στο Δήμο Λεύκτρου, βρίσκεται το φαράγγι του Βύρου, το οποίο έχει συνολικό μήκος 20 χλμ. Στην αρχαιότητα ήταν ευρύτατα γνωστό ως «γέφυρα», ονομασία που οφείλεται στο γεγονός ότι συνέδεε το νομό με τη Λακωνία. Η διαδρομή του είναι εντυπωσιακή καθώς το σημείο εκκίνησής του βρίσκεται σε υψόμετρο 1400μ. στον Ταΰγετο και μέσα από το δάσος της Βασιλικής και του Αϊ Δημήτρη κατευθύνεται προς την Καρδαμύλη και τη θάλασσα.

 Εξίσου όμορφο και προκλητικό για όποιον θέλει να το διασχίσει είναι το φαράγγι του Ριντόμου, μήκους 19 χλμ, το οποίο βρίσκεται λίγο έξω από την Καλαμάτα στην αρχή της Μεσσηνιακής Μάνης. Η πρώτη ιστορική αναφορά για αυτό γίνεται από τον Παυσανία (160 μ.Χ.). Πρόκειται για ένα σύνολο από απότομους βράχους και ποταμάκια με κρυστάλλινα νερά τα οποία, σε συνδυασμό με τη βλάστηση και τις πυκνές συστάδες δέντρων, δημιουργούν μια εσωτερική δροσιά από την οποία το καλοκαίρι, ακόμη και το μεσημέρι, οι ηλιακές ακτίνες δεν κατορθώνουν να περάσουν.